التعايش الداخلي هو اتحاد بين الأنواع ، حيث يعيش أحدهما داخل الآخر. عضيات معينة من الخلايا حقيقية النواة ، مثل البلاستيدات الخضراء والميتوكوندريا ، والتي تشتق من تعايشها الأصلي مع بعض البكتيريا. في عملية التعايش الداخلي ، يسكن العنصر التكافلي الفضاء داخل الخلايا للمضيف. مثال على هذه العينات: zooxanthellae ، وهي نوع من الطحالب التي تعيش في خلايا بعض الشعاب المرجانية.
تنص نظرية التكافل الداخلي على أن الخلية حقيقية النواة لديها القدرة على الارتباط بأخرى ، من أجل الحفاظ على التعايش حيث يستفيد كلاهما ، حيث سيستمتع المضيف بالفاكهة التي يطلقها التعايش الداخلي. من ناحية أخرى ، تؤكد هذه النظرية أيضًا أن العضيات الأولى التي تطورت هي الميتوكوندريا ، وبعد ذلك ، من خلال التعايش الداخلي المتسلسل ، يحصل الجسيم حقيقيات النواة الأسلاف على تعايش داخلي قادر على إجراء عملية التمثيل الضوئي ، والتي ستطور لاحقًا عضيات خلوية حقيقية النواة ستأتي لتوليد ما هي أول الطحالب الخضراء.
هناك بعض الأدلة التي تنص على أن الميتوكوندريا والبلاستيدات تولد من عملية التعايش الداخلي ، أحدها هو حجم الميتوكوندريا ، والذي يشبه حجم بعض البكتيريا. تتكون كل من البلاستيدات الخضراء والميتوكوندريا من DNA دائري مزدوج الشرائط مغلق تساهميًا. وهي مغطاة بنسيج مزدوج. تنقسم البلاستيدات الخضراء والميتوكوندريا عن طريق الانشطار الثنائي ، وكذلك بدائيات النوى. تخليق البروتين ، سواء في الميتوكوندريا أو في البلاستيدات الخضراء ، مستقل.